Με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης, Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών συνιστάται αυτοτελής ειδική υπηρεσία στο Υπουργείο Οικονομίας και Οικονομικών, η οποία υπάγεται στο Γενικό Γραμματέα Επενδύσεων και Ανάπτυξης και ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στο άρθρο 8 (2860/2000).

H Αρχή Πληρωμής έχει ως σκοπό την εξασφάλιση των χρηματοδοτικών ροών από τα Διαρθρωτικά Ταμεία για τα επιχειρησιακά προγράμματα του ΚΠΣ.